项目公司可以由社会资本独立出资成立，社会资本可以是一个企业，也可以是多个企业组成联合体，或者由政府和社会资本共同出资。在多个股东的情况下，为了就项目公司拟设立的事项达成一致，各股东有必要就项目公司拟设立的相关事项达成一致。
股东协议在项目合同制度中具有特殊的地位。一方面，股东协议是由设立项目公司的股东即社会资本成员签订的协议。它还可以包括政府和社会资本作为股东在政府作为股东出资后签订的协议。其目的是在股东之间建立一种长期的、有约束力的契约关系，主要是为了理解它是股东之间权利义务的分配。但另一方面，为确保股东权益能够延伸至PPP项目，股东协议除对股东之间权利义务的一般规定外，还可以包括与项目实施有关的特别规定。股东协议的主要目的是成立项目公司，负责项目的建设、运营和管理。
PPP项目往往涉及社会资本的选择和项目建设实施主体的继续选择。项目公司股东可以包括承包人、原材料供应商、经营者、融资方和其他参与项目建设和运营的主体。此外，为了提高项目实施效率，减少复杂的投资程序，法律规定财团作为项目建设和运营的主体，可以参与PPP项目的社会资本竞争，根据《招标投标法实施条例》第九条规定，“除招标投标法第六十六条规定不得进行招标的特殊情况外，有下列情形之一的。不允许投标：。。。(3) 经招标选定的特许经营项目的投资者可以自行建设、生产或者提供……”即项目公司可直接与联合体成员签订施工合同、运营合同或原材料响应合同，俗称“两标”改为“一标”。目前，只有《招标投标法实施条例》决定通过招标方式选择特许经营项目的项目投资者，在特定条件下不得进行招标。根据《政府与社会资本合作项目政府采购管理办法》，PPP项目的采购方式包括公开招标、邀请招标、竞争性谈判、竞争性谈判和单一来源采购。如果采用竞争性谈判或协商的方式，考虑到社会资本的购买力平价项目是通过竞争性谈判或协商的方式选择的，那么对于那些了解资本的人，可以选择社会，价格，其工程建设的工期和施工组织已成为社会资本参与项目竞争的一部分，项目的工期、质量、利润等关键施工因素也纳入竞争过程。因此，投资总额合理，效益评价指标能够实现工程建设的统一评价。通过竞争性谈判或协商选择社会资本，直接与社会资本签订建设合同，不影响整个项目实施的公平性。因此，通过竞争对手协商或协商的程序选择社会资本的，可以将工程建设招标与社会资本选择程序相结合。但为避免该股东对项目建设等方面控制过多，股东协议一般会限制该股东对相关事项的表决权。
为了更直接地参与项目的重大决策，掌握项目的实施情况，政府还可以通过直接参股成为项目公司的股东。实际上，政府并不直接出资，而是授权项目执行机构或其他实体代表政府履行出资义务。但是，PPP项目强调在公共事务中引入社会资本，并利用社会资本在运营技术上的优势。政府不负责具体事务。股东地位确立后，政府与其他股东一样，享有与股东同等的基本权益，但也需要履行股东的相关义务，承担项目风险。在《PPP项目合同指南(试行)》(财建〔2014〕156号)中，财政部要求政府投资设立项目公司，“政府对项目公司的持股比例应低于50%，不具备实际控制权和管理权”。在实践中，政府作为股东的投资通常只是一种象征性的投资，政府可以根据项目的规模和社会资本的需求来盈利，如安庆市住房和城乡建设委员会作为项目实施机构，签订了PPP项目协议用选定的社会资本，北京城市建设设计开发集团有限公司，建立适当的股权比例，如安徽省启动的市级PPP项目。政府授权安庆市投资为政府对本项目的投资代表，其中城市投资持股比例为12%，社会资本持股比例为88%。在政府持股比例较低的情况下，为了更好地履行政府对项目建设和运营的监督管理职责，一般做法是合理设置项目公司的治理结构，如改变股东的投票机制或设立董事会，认识到政府需要通过任命董事、高级管理人员等方式履行对项目的监督职责，但必须注意的是，在建立项目公司治理结构时，必须明确，社会资本在项目建设和运营中起主导作用，政府只有对具体事项进行监督管理的权力。
此外，在PPP项目中，项目的实施仍主要取决于社会资本本身的资本和技术实力。项目公司作为母公司的股权结构发生变化，可能导致不合适的主体成为PPP项目的投资者或实际控制人，影响项目的实施。因此，为保证政府与社会资本的长期稳定合作，有效控制项目公司股权结构的变化，股东协议一般会规定限制股权变动的条款。而且，社会资本通常会成立一个项目公司，负责项目的建设和运营，会有一个多层次的投资结构。基于特殊考虑，政府可在股东协议中规定，项目公司及其各级母公司的股权变动将纳入PPP股东协议中约定的股权转让限制。
